هدف اين سازمان پشتيباني از دانشگاه‌ها و مراكز آموزش عالي كشورهاي اسلامي و برقرار ارتباط ميان آنهاست نقش به سزايي در تعميق روابط كشورهاي اسلامي و ترويج همكاري‌هاي علمي پ‍ژوهشي بين دانشگاه‌هاي كشورهاي عضو بر عهده دارد. اين مسأله به عنوان يكي از راهبردهاي اصلي سازمان كنفرانس اسلامي نيز مد نظر قرار گرفته است. همكاري بين دانشگاه‌هاي كشورهاي مختلف در سرزمين بزرگ اسلامي از طريق FUIW سامان‌دهي شده و با توجه به تنوع رشته هاي علمي هدايت و سازمان‌دهي تخصصي مي گردد. دانشگاه اصفهان در اتحاديه دانشگاه‌هاي جهان اسلام عضويت دارد و با شركت فعال در مجامع عمومي اتحاديه و كنفرانس‌هاي آموزش عالي جهاني كه با حضور رييسان دانشگاه‌هاي عضو و هيأت‌هاي همراه سالانه در كشورهاي مختلف برگزار مي‌گردد به عنوان يكي از دانشگاه‌هاي مهم جهان اسلام مطرح است.